### R code from vignette source 'Bart12f.Rnw' ### Encoding: ISO8859-1 ################################################### ### code chunk number 1: Bart12f.Rnw:149-151 ################################################### mygd <- function(name, width, height, ...) pdf(file = paste(name, "pdf", sep = "."), width = width, height = height, family="URWHelvetica",useDingbats =F, ...) ################################################### ### code chunk number 2: thomas.Rnw:183-184 ################################################### data(iris) ################################################### ### code chunk number 3: thomas.Rnw:189-190 ################################################### iris[1:3,] ################################################### ### code chunk number 4: thomas.Rnw:201-203 ################################################### options(width=70) summary(iris) ################################################### ### code chunk number 5: thomas.Rnw:213-214 ################################################### pairs(iris[,1:4], col=c("red", "green", "blue")[as.numeric(iris$Species)]) ################################################### ### code chunk number 6: thomas.Rnw:229-231 ################################################### 2+2 5*3*4 ################################################### ### code chunk number 7: thomas.Rnw:234-236 ################################################### year <- c(1800,1850,1900,1950,2000) pop <- c(18,54,500,1701,7731) ################################################### ### code chunk number 8: thomas.Rnw:244-245 ################################################### print( c(year,pop)) ################################################### ### code chunk number 9: popyear1 ################################################### plot(pop~year, pch=15) ################################################### ### code chunk number 10: thomas.Rnw:250-251 ################################################### plot(pop~year, pch=15) 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################################################### seq(from=5, to=22, by=3) ################################################### ### code chunk number 17: thomas.Rnw:409-410 ################################################### seq(5,22,3) ################################################### ### code chunk number 18: thomas.Rnw:413-414 ################################################### seq(0,10) == 0:10 ################################################### ### code chunk number 19: thomas.Rnw:417-418 ################################################### c("one","two","three") ################################################### ### code chunk number 20: thomas.Rnw:428-431 ################################################### x <- c(1,2,3) y <- c(1,2,4) x+y ################################################### ### code chunk number 21: thomas.Rnw:435-436 ################################################### x < y ################################################### ### code chunk number 22: thomas.Rnw:440-442 ################################################### y <- c(5,6) x+y ################################################### ### code chunk number 23: thomas.Rnw:454-455 ################################################### x<- c(2,3,5,7) ################################################### ### code chunk number 24: thomas.Rnw:462-463 ################################################### sum(x)/length(x) ################################################### ### code chunk number 25: thomas.Rnw:475-476 ################################################### xbar <- sum(x)/length(x) ################################################### ### code chunk number 26: thomas.Rnw:478-479 ################################################### sqrt( sum( (x - xbar)^2 / (length(x)-1) ) ) ################################################### ### code chunk number 27: thomas.Rnw:482-484 ################################################### mean(x) sd(x) ################################################### ### code chunk number 28: thomas.Rnw:492-494 ################################################### v <- c(10,20,30,40,50,60,70,80,90,100) v[3] ################################################### ### code chunk number 29: thomas.Rnw:498-499 ################################################### v[ c(3,4,5)] ################################################### ### code chunk number 30: thomas.Rnw:503-504 ################################################### v[-c(2,3)] ################################################### ### code chunk number 31: thomas.Rnw:515-517 ################################################### v[1] <- -10 v ################################################### ### code chunk number 32: thomas.Rnw:523-525 ################################################### v>50 v[v>50] ################################################### ### code chunk number 33: thomas.Rnw:533-534 ################################################### v[ v > 55 & v < 79] 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################################################### gender as.numeric(gender) ################################################### ### code chunk number 40: thomas.Rnw:579-580 ################################################### levels(gender) ################################################### ### code chunk number 41: thomas.Rnw:588-591 ################################################### x <- 1:20 dim(x) <- c(5,4) x ################################################### ### code chunk number 42: thomas.Rnw:594-595 ################################################### matrix(1:20, nrow= 5) ################################################### ### code chunk number 43: thomas.Rnw:605-609 ################################################### A <- matrix(1:20, nrow= 5, byrow=T) rownames(A) <- LETTERS[1:nrow(A)] colnames(A) <- 1:ncol(A) A ################################################### ### code chunk number 44: thomas.Rnw:618-622 ################################################### A <- matrix(1:4, nrow= 2, byrow=T) B <- matrix(10*(1:4), nrow= 2, byrow=T) cbind(A,B) rbind(A,B) ################################################### ### code chunk number 45: thomas.Rnw:632-634 ################################################### l <- list( c("a", "b", "c"), 1:4, c(TRUE, TRUE, FALSE)) l ################################################### ### code chunk number 46: thomas.Rnw:643-644 ################################################### l[1] ################################################### ### code chunk number 47: thomas.Rnw:647-648 ################################################### l[2:3] ################################################### ### code chunk number 48: thomas.Rnw:651-653 ################################################### l[[1]] l[[1]][2] ################################################### ### code chunk number 49: thomas.Rnw:665-666 ################################################### l ################################################### ### code chunk number 50: thomas.Rnw:671-673 ################################################### l[[1]] <- NULL l ################################################### ### code chunk number 51: thomas.Rnw:676-679 ################################################### l <- c(l,l) l <- l[-c(3,4)] l ################################################### ### code chunk number 52: thomas.Rnw:690-691 ################################################### length(l) ################################################### ### code chunk number 53: thomas.Rnw:694-696 ################################################### l[[length(l)+1]] <- c("x","y") l ################################################### ### code chunk number 54: thomas.Rnw:704-706 ################################################### names(l) <- c("numbers", "booleans") l ################################################### ### code chunk number 55: thomas.Rnw:739-743 ################################################### year <- c(1800,1850,1900,1950,2000) pop <- c(18,54,500,1701,7731) demography <- data.frame(y=year, p =pop) demography ################################################### ### code chunk number 56: thomas.Rnw:814-818 ################################################### cars <- list(speed=c(180, 250, 300), price = c(10.5, 55.6, 76.0), consumption=c(5, 7.1, 12.5)) cars ################################################### ### code chunk number 57: thomas.Rnw:823-824 ################################################### lapply(cars, sum) ################################################### ### code chunk number 58: thomas.Rnw:853-854 ################################################### lapply(cars, function(x) return(x[2])) ################################################### ### code chunk number 59: thomas.Rnw:886-887 ################################################### unlist(lapply(cars, mean)) ################################################### ### code chunk number 60: thomas.Rnw:890-891 ################################################### sapply(cars, mean) ################################################### ### code chunk number 61: thomas.Rnw:894-896 ################################################### data(iris) sapply(iris, mean) ################################################### ### code chunk number 62: thomas.Rnw:906-907 ################################################### sort(iris$Sepal.Length)[1:10] ################################################### ### code chunk number 63: thomas.Rnw:910-912 ################################################### a <- c(20,-1,4,3) order(a) ################################################### ### code chunk number 64: thomas.Rnw:921-925 ################################################### a i <- order(a) i a[i] ################################################### ### code chunk number 65: thomas.Rnw:928-931 ################################################### i <- order(iris$Sepal.Length) options(width=70) iris[i,][1:4,] ################################################### ### code chunk number 66: thomas.Rnw:969-973 ################################################### celsius<-(0:4)*10 fahrenheit <- 9/5*celsius+32 conversion <- data.frame(c=celsius, f=fahrenheit) print(conversion) ################################################### ### code chunk number 67: thomas.Rnw:984-987 ################################################### require(stats) x <- 1:1000000 system.time(y <- x^2) ################################################### ### code chunk number 68: thomas.Rnw:990-994 ################################################### x <- 1:1000000 system.time( for( i in 1:length(x)) y[i] <- x[i]^2 ) ################################################### ### code chunk number 69: thomas.Rnw:1004-1005 ################################################### for( i in 1:5) print(i) ################################################### ### code chunk number 70: thomas.Rnw:1009-1014 ################################################### x<-1 while(x <= 5){ print(x) x <- x+1 } ################################################### ### code chunk number 71: thomas.Rnw:1023-1029 ################################################### x <- 1 repeat{ print(x) x<-x+1 if (x > 5) break } ################################################### ### code chunk number 72: thomas.Rnw:1037-1041 ################################################### year <- c(1800,1850,1900,1950,2000) pop <- c(18,54,500,1701,7731) range(year) summary(year) ################################################### ### code chunk number 73: plotxy ################################################### plot(year, pop) ################################################### ### code chunk number 74: plotyx ################################################### plot(y=year, x=pop) ################################################### ### code chunk number 75: thomas.Rnw:1089-1091 ################################################### norm <- function(x) sqrt(x%*%x) norm(1:4) ################################################### ### code chunk number 76: thomas.Rnw:1094-1098 ################################################### h <- function(x){ if (x<0) -1 else 1} h(1) ################################################### ### code chunk number 77: thomas.Rnw:1101-1103 ################################################### heaviside <- function(x) ifelse(x<0,-1,1) heaviside(1) ################################################### ### code chunk number 78: sin1 ################################################### x <- (0:20)*pi/10 y <- sin(x) plot(y~x) ################################################### ### code chunk number 79: lines ################################################### n<-100 x <- (0:n)*2*pi/100 y <- sin(x)+rnorm(n+1) plot(y~x) lines(x,sin(x)) ################################################### ### code chunk number 80: sin2 ################################################### plot( (1:50)*0.92, sin( (1:50)*0.92)) ################################################### ### code chunk number 81: sin3 ################################################### par(mfrow=c(3,1)) plot( (1:50)*0.92, sin( (1:50)*0.92)) plot( (1:50)*0.92, cos( (1:50)*0.92)) plot( (1:50)*0.92, tan( (1:50)*0.92)) ################################################### ### code chunk number 82: thomas.Rnw:1224-1226 ################################################### df.simple <- read.table("simple.txt", header = TRUE) df.simple ################################################### ### code chunk number 83: irishist ################################################### data(iris) x <- iris$Sepal.Length dens <- density(x) hist(x,freq=F) lines(dens) ################################################### ### code chunk number 84: thomas.Rnw:1298-1299 ################################################### stem(iris$Sepal.Length) ################################################### ### code chunk number 85: boxfos ################################################### boxplot(iris$Sepal.Length) ################################################### ### code chunk number 86: irissepal ################################################### plot(Sepal.Length~Petal.Length,data=iris) ################################################### ### code chunk number 87: thomasDoe.Rnw:271-289 ################################################### set.seed(123) library(SPOT) fn <- spotBraninFunction #test function to be optimized by SANN x0 <- c(-2,3) #starting point that SANN uses when optimizing Branin maxit <- 100 #number of evaluations of Branin allowed for SANN temp <- 10 tmax <- 10 n <- 100 y <- rep(1,n) y0<-sapply(y, function(x) x<-optim(par=x0, fn=fn, method="SANN" , control=list(maxit=maxit, temp=temp, tmax=tmax))$value) temp <- 4 tmax <- 62 y <- rep(1,n) y1<-sapply(y, function(x) x<-optim(par=x0, fn=fn, method="SANN" , control=list(maxit=maxit, temp=temp, tmax=tmax))$value) ################################################### ### code chunk number 88: thomasDoe.Rnw:297-299 ################################################### summary(y0) summary(y1) ################################################### ### code chunk number 89: thomasDoe.Rnw:301-302 ################################################### boxplot(y0,y1) ################################################### ### code chunk number 90: thomasDoe.Rnw:309-313 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) hist(y0,xlim = c( min(y0,y1), max(y0,y1))) hist(y1,xlim = c( min(y0,y1), max(y0,y1))) par(mfrow=c(1,1)) ################################################### ### code chunk number 91: thomasDoe.Rnw:321-324 ################################################### df1 <- read.table("Data.d/NULL.res",header=T) options(width=80) df1[1:10,] ################################################### ### code chunk number 92: thomasDoe.Rnw:332-335 ################################################### library(car) scatterplotMatrix(~VARX1+VARX2+Y, reg.line=lm, smooth=TRUE, spread=FALSE, span=0.5, diagonal = 'density', data=df1) ################################################### ### code chunk number 93: martin.Rnw:42-43 (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("SPOT") ################################################### ### code chunk number 94: martin.Rnw:47-48 (eval = FALSE) ################################################### ## require("SPOT") ################################################### ### code chunk number 95: martin.Rnw:51-53 (eval = FALSE) ################################################### ## ?spot ## ?spotOptim ################################################### ### code chunk number 96: martin.Rnw:56-57 (eval = FALSE) ################################################### ## demo(package="SPOT") ################################################### ### code chunk number 97: martin.Rnw:60-61 (eval = FALSE) ################################################### ## demo("spotDemo18ForresterOptim",ask=F) ################################################### ### code chunk number 98: martin.Rnw:64-65 (eval = FALSE) ################################################### ## spotGui() ################################################### ### code chunk number 99: martin.Rnw:92-97 ################################################### #Find minimum of 2D-sphere function with SANN fn<-function(x){return(sum(x^2))} result<-optim(par=c(2,-4),fn,method="SANN") result$value result$par ################################################### ### code chunk number 100: martin.Rnw:109-110 ################################################### require(SPOT) ################################################### ### code chunk number 101: martin.Rnw:112-115 ################################################### fn <- spotBraninFunction #test function to be optimized by SANN x0 <- c(-2,3) #starting point that SANN uses when optimizing Branin maxit <- 100 #number of evaluations of Branin allowed for SANN ################################################### ### code chunk number 102: martin.Rnw:117-123 ################################################### testalgorithm <- function(pars,x0,fn,maxit){ temp<-pars[1] tmax<-pars[2] y <- optim(x0, fn, method="SANN",control=list(maxit=maxit,temp=temp,tmax=tmax)) return(y$value) } ################################################### ### code chunk number 103: martin.Rnw:135-151 (eval = FALSE) ################################################### ## target <- function(x,y,x0,fn,maxit){ ## zz<-matrix(0,length(x)) ## repeats=1000 ## for(i in 1:repeats){ ## set.seed(i) ## zz =zz + apply(cbind(x,y),1,testalgorithm,x0=x0,fn=fn,maxit=maxit) ## } ## return(zz/repeats) ## } ## x <- seq(1, 100, length.out = 100) ## y <- x ## z <- outer(x, y, target,x0=x0,fn=fn,maxit=maxit) ## filled.contour(x, y, z, color.palette=terrain.colors,xlab="temp",ylab="tmax") ## pal <- topo.colors(100) ## require(rgl) ## persp3d(x,y,z,col=pal[cut(z,100)],xlab="TEMP",ylab="TMAX") ################################################### ### code chunk number 104: martin.Rnw:169-181 ################################################### roi<-spotROI(c(1,1),c(100,100),type=c("INT","INT")) config<-list(alg.func=testalgorithm, alg.roi=roi, init.design.size=20, seq.predictionModel.func="spotPredictForrester", seq.predictionOpt.func="spotPredictOptMulti", seq.predictionOpt.method="cmaes", seq.predictionOpt.budget=1000, report.func="spotReportSens", spot.fileMode=T, io.verbosity=3, auto.loop.nevals=100) ################################################### ### code chunk number 105: martin.Rnw:193-194 (eval = FALSE) ################################################### ## res<-spot(spotConfig=config,x0=x0,fn=fn,maxit=maxit) ################################################### ### code chunk number 106: martin.Rnw:258-263 (eval = FALSE) ################################################### ## spot(spotConfig=append(list( ## report.func="spotReportContour", ## report.interactive=F), ## res), ## spotTask="rep") ################################################### ### code chunk number 107: martin.Rnw:266-271 (eval = FALSE) ################################################### ## spot(spotConfig=append(list( ## report.func="spotReport3d", ## report.interactive=F), ## res), ## spotTask="rep")